W opuszczonej stacji wydobywczej musisz walczyć z wrogami i zdobywać broń, aby ich pokonać. Clanker.io to izometryczna strzelanka z grafiką pikselową, w której sterujesz mechem, aby walczyć z wrogami i pozostać przy życiu tak długo, jak to możliwe. Wchodząc do gry, stajesz się częścią zespołu. Czerwone kropki oznaczają twoich wrogów na mapie gry. Przemieszczanie się do wskazanego obszaru na mapie ujawnia, gdzie się znajdują. HUD otacza maszynę, wskazując jej aktualny stan. Łuk światła pośrodku wskazuje, ile zdrowia pozostało mechowi; tymczasem pionowy pasek obok wskazuje aktualny poziom tarczy. Poruszaj się po wrogach, śledząc emitowane przez nich czerwone punkty. Pole siłowe Mecha chroni go przed obrażeniami. Kiedy jego pozostała energia się wyczerpie, kadłub Mecha doznaje uszkodzeń, dopóki nie zostanie zniszczony. Frontalne skupienie zmniejsza obrażenia zadawane przez Mecha jego polu siłowemu. Pole siłowe Mecha ładuje się z czasem do pełnej mocy. Po ożywieniu mech ma krótki okres niewrażliwości. Podczas gdy to się dzieje, jego broń jest wyłączona. Kilka przetworników może rozszerzyć ten efekt.